Футбольный клуб «Нарва Транс» был основан в 1979 году на базе авто-транспортного предприятия — Автобаза №13. В период с 1979-1989 имел название «Автомобилист», затем с 1989-1991 ФК «Автобаза». И только 30 июля 1991 был зарегистрирован как футбольный клуб «Нарва Транс».
На сегодняшний день это единственный клуб, представляющий город Нарва и уезд Ида-Вирумаа, команда которого играет в Премиум Лиге Чемпионата Эстонии и является командой, которая провела все сезоны в Чемпионате Эстонии с момента ее основания.
